삼성전자가 세무당국과의 113억 원 규모 법인세 소송에서 이겼다. 대법원은 삼성전자와 마이크로소프트(MS)가 맺은 특허권 사용료(로열티)에 징수된 법인세 113억원을 과세당국이 돌려줘야 한다고 판단했다. 한미조세협약을 근거로 국내 미등록 특허 사용권에 대한 소득은 국내원천소득에 해당하지 않아 세금부과 대상이 될 수 없다는 이유다.
 
대법원 3부(주심 노정희 대법관)는 삼성전자가 동수원세무서장을 상대로 낸 법인세 원천징수처분 등 취소 청구소송에서 원고 승소로 판결한 원심을 확정했다고 20일 밝혔다. 삼성전자는 마이크로소프트(MS)와 2011년 안드로이드 기반 스마트기기 사업에 필요한 특허 사용계약을 맺고 로열티를 지불하는 계약을 체결했다. 삼성전자는 2012~2015년 특허권 사용료를 보내면서 한미조세협약에 근거해 제한세율 15%를 적용해 MS 측의 법인세 1818억원을 동수원세무서에 납부했다. 특허 사용료를 주면서 MS 소득에 대한 원천소득 세금 징수를 삼성이 대신한 셈이다. 
 
과세당국은 삼성전자가 2013사업연도에 MS에 사용료 690억원을 덜 지급해 113억원(사용료의 15%)의 법인세를 과소 납부했다고 보고 이를 징수했다. 삼성전자는 이런 처분이 부당하다며 소송을 제기했다. 
 
법정 쟁점은 MS가 국외에서 등록했으나 한국에는 등록하지 않은 특허권 사용료를 '국내 원천소득'으로 볼 수 있는지였다. 과세당국이 지적한 690억원에는 국내 미등록 특허권 사용료도 포함됐기 때문이다. 2013년 기준 MS의 전체 특허 4만1613개 가운데 국내에 등록된 특허는 1222개(2.9%)였다. 
 
1심과 2심은 삼성전자의 손을 들어줬다. 1심은 과세당국의 원천징수 처분이 합당하지 않다며 법인세 원천징수분 113억여원을 취소했다. 법인세법은 외국 법인이 국내 미등록 특허권 사용료도 국내 원천소득으로 보도록 하지만, 국제조세조정법은 국내 원천소득을 구분할 때 조세조약을 우선 적용한다고 규정한다. 2심 판단도 같았다.
 
대법원은 2심의 판결에 법리 오해 등 문제가 없다고 보고 그대로 확정했다. 대법원은 "원심의 판단에 국내 세법과 조세조약의 관계, 특허권의 속지주의 원칙 및 국내법에 의한 조약배제에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다"고 지적했다.
 
이번 사건과 별개로 MS가 한국 과세당국에 2012∼2015년 법인세 원천징수분 6537억원 가운데 초과 납부액 6344억원을 돌려달라며 낸 소송은 대법원을 거쳐 파기환송심이 진행 중이다. 지난달 대법원은 초과 납부한 법인세를 돌려주는 것은 맞지만, MS의 소득으로 잡힌 사용료에는 국내 미등록 특허권만이 아니라 원천징수 대상인 저작권, 노하우 등이 포함돼있는데 2심이 이를 따지지 않았다며 반환 법인세액을 다시 계산하라고 판결했다.

김영은 기자 kim.yeongeun@joongang.co.kr

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